Fossilien
In nahezu allen Pokémon Editionen könnt ihr im Laufe des Spieles Fossilien finden und aus diesen im Spiel Pokémon entwickeln lassen. In HeartGold (HG) und SoulSilver (SS) ist dies ebenfalls möglich. Allerdings sind die Fossilien nicht in einem Minispiel im Untergrund, wie in Diamant/Perl/Platin (DPP), erhältlich und auch nicht, wie in früheren Editionen, automatisch im Laufe des Spieles, sondern nur über eine gezielte Suche.
Voraussetzung, um überhaupt Fossilien finden zu können, ist der Besitz
der VM Zertrümmerer. Bringt diese VM einem Pokémon bei und begebt euch
zu den Alph-Ruinen oder zur unteren Etage der Klippenhöhle (bei Route
47) und zertrümmert dort die herumliegenden Steine. In diesen werdet
ihr - je nach Edition - eine Auswahl an Fossilien finden. In HG ist
dies z.B. das 
Helixfossil. Bringt dieses Fossil dann nach Marmoria
City zum Museum und sprecht den Forscher im rechten Bereich an. Kurz
darauf werdet ihr dann das dazu passende Pokémon erhalten. Im Falle
des Helixfossils wäre dies ein 
Amonitas.
Übrigens: Im Gegensatz zu den Pre-Nintendo DS-Editionen ist die Anzahl der Fossilien nicht begrenzt. Ihr könnt also beliebig viele fangen bzw. finden. Die Fossilien lassen sich sogar in den neueren Editionen für 500 Geld verkaufen, falls ihr dies wünscht.
Diese fünf Fossil-Pokémon sind jedoch nicht in HG und SS enthalten, sondern meistens nur in einer der beiden Editionen. Um alle fünf Pokémon zu erhalten, müsst ihr die Pokémon tauschen. Die folgende kleine Tabelle zeigt euch, welche Fossilien / Pokémon ihr in welcher Edition finden könnt. Die Klippenhöhle befindet sich übrigens bei Route 47 (Richtung Safari-Zone).
| Edition | Alph-Ruinen | Klippenhöhle |
|---|---|---|
| Nur in HeartGold | Helixfossil ( Amonitas) |
 Klauenfossil ( Anorith) |
| Nur in SoulSilver |  Domfossil ( Kabuto) |
 Wurzelfossil ( Liliep) |
| In beiden Editionen |  Altbernstein ( Aerodactyl) |