Hauptfilm
Zu Beginn des Filmes gibt es eine kurze Einführung in die Welt der Pokémon, bevor man den Hauptcharakter Ash sieht, der nach einem Kampf mit Pikachu gegen ein Donphan, mit seinen Freunden Rocko und Lucia zu einem Pokémon Center reist. Im Pokémon-Center schauen sich die Freunde, mit anderen Personen, den neuen Sport Basketbolz im Fernsehen an. Dabei tritt ein Trainer mit zwei Pokémon in einer Arena an und versucht einen Ball in einen Behälter zu werfen. Ash und seine Freunde sind von dem neuen Sport direkt begeistert und beschließen sich die in zwei Tagen stattfindende Basketbolz-Weltmeisterschaft in Coronia City live anzusehen. In einer Vorschau auf die Eröffnungsfeier wird auch einer der Top-Favoriten, Ken Kodai, gezeigt, der ein Team bestehend aus Raikou, Suicune und Entei besitzt!
Bei einem Szenenwechsel sieht man nun ein Flugzeug, in dem ein Zoroark mit einem kleinen Zorua in einem Raum eingesperrt sind. Das Zoroark kümmert sich dabei sehr liebevoll um Zorua und beschützt es auch direkt, als der erst kürzlich gesehene Top-Favorit Ken Kodai der Basketbolz-Weltmeisterschaft erscheint. Dieser schickt Raikou, Suicune und Entei auf Zoroark los, welches mit seiner Spezialfähigkeit Trugbild das Aussehen von Raikou übernimmt. Ken Kodai ist davon mehr als begeistert, da Zoroarks Illusion selbst die Illusionsblocker (eine Art Armband, die Ken Kodai und seine Gehilfin Roswitha tragen) überlisten. Bevor es zu einem Kampf kommt, lässt Kodai seine drei legendären Raubkatzen in eigenartigen Bällen verschwinden. Danach erscheint ein Ninjask, welches sich Zorua schnappt und es gewaltsam von Zoroark trennt. Dies gefällt Zoroark natürlich nicht, doch sagt Kodai, dass Zorua nichts passiert, wenn Zoroark das macht, was er von ihm verlangt.
Was weder Kodai noch Zoroark mitbekommen ist, dass sich Zorua unterwegs aus den Klauen von Ninjask befreien kann. In mehreren spannenden Fluchtszenen gelingt es Zorua letztlich sowohl Ninjask, als auch ein Scherox auszutricksen und aus dem Flugzeug zu springen. Bevor es auf dem Boden aufschlägt, gelingt es Zorua sich in ein Hubelupf zu verwandeln, was ihm ein sanftes Herabgleiten ermöglicht. Kodai scheint sich um Zorua nur bedingt Sorgen zu machen. Er hat ausreichend visuelle Daten um Zoroark unter Druck zu setzen und dann erzählt er etwas von Zeitwellen. Direkt im Anschluss sieht man ein Celebi durch ein Zeitfenster in Coronia City auftauchen... An dieser Stelle folgt dann der Titel des Filmes und die "Einleitung" ist beendet. Eine kleine Randnotiz: Nach dem Titel des Filmes sind bereits 11:30 Minuten vorbei.
Ash, Rocko und Lucia sind nachts auf dem Weg nach Coronia City, haben sich dabei aber etwas verlaufen. Dies ermöglicht dem Trio einen wunderschönen Schwarm Papinelle im Mondschein zu bewundern. Oberhalb unserer Freunde fliegen zeitgleich Jessie, James und Mauzi vom Team Rocket vorbei und freuen sich, dass sich unsere Freunde verirrt haben. Als sie jedoch von Zorua (in Form von Hubelupf) versehentlich gerammt werden, sorgt es für reichlich Wirbel.
Am Boden angekommen, knallt Zorua auf ein wildes Muntier, welches darüber nicht wirklich erfreut ist. Um sich vor dem wütenden Muntier und seinem Rudel zu retten, verwandelt sich Zorua ebenfalls in ein Muntier. Ash, Lucia und Rocko, die dies zufällig beobachten, sind über die Verwandlungskünste sichtlich erstaunt. Kurz darauf greifen Ash mit Panferno und Lucia mit Mamutel ein, um Zorua zu helfen. Am Ende ist es aber Plinfa, welches mit einer Mischung aus Komik und Überzeugungskraft die Muntier zum Verschwinden überreden kann.
Anstatt sich aber dankbar zu zeigen spricht Zorua mit Telepathie zu unseren Freunden und sagt, dass es nicht auf Hilfe angewiesen war. Es erklärt daraufhin aber, dass es ebenfalls nach Coronia City muss um Mima (Zoroark) zu befreien. Dabei erwähnt Zorua auch, dass es gegen seinen Willen mit Mima von jemandem entführt wurde. Unsere Freunde wollen hier Zorua nun gerne helfen, was Zorua annimmt. Als eine Art Dankeschön verwandelt sich Zorua nun in Ash! Doch diese Verwandlung ist nicht wirklich perfekt, da Zorua seinen Schwanz behält Pikachu bemerkt dies direkt, doch da verwandelt sich Zorua auch schon in ein Pikachu, was ihm ohnehin besser gefällt
Zeitgleich startet Kodai seinen Plan. So zeigt er Zoroark eine Illusion von dem angeblich noch gefangenen Zorua um es gefügig zu machen. Danach erhält Zoroark den Befehl in der Stadt Illusionen zu erzeugen. Zur Unterstützung werden auch zahlreiche Kameras von Kodais Flugzeug aus gestartet.
Am nächsten Morgen sieht man Celebi durch Coronia City glücklich fliegen. Dabei sind zahlreiche Pokémon zu sehen und viele Blumen sowie Bäume beginnen dank Celebi zu blühen. An dieser Stelle wird auch erstmalig die ältere Dame Thekla vorgestellt, die beim Gießen ihrer Blumen Celebi bemerkt. Aufgeregt eilt sie daraufhin zu ihrem Mann Joe um ihm davon zu berichten. Beide erinnern sich zu gut an die Ereignisse, als Celebi vor 20 Jahren bereits einmal erschienen ist.
Zeitgleich sehen Jessie, James und Mauzi, die nahe des Kirchturms von Colonia City abgestürzt sind, Zoroark. Dieses beginnt, auf Befehl von Kodai hin, mit der Verwüstung der Stadt. Dabei verwandelt es sich nacheinander in die drei Raubkatzen Suicune, Entei und Raikou um sich so der Öffentlichkeit zu präsentieren. Kodai und seine Gehilfin Roswitha erstellen am Computer dabei Illusionen einer zerstörten Stadt.
Nachdem Zoroark mit den Verwüstungen angefangen hat, wird eine Sondersendung der Kodai-Mediengruppe in der ganzen Stadt ausgestrahlt, bei der sich Ken Kodai für die Schäden entschuldigt und alle Bürger bittet, die Stadt zu verlassen, damit sie keinem weiteren Risiko ausgesetzt werden. Während die Menschen den scheinbar gut gemeinten Ratschlägen Kodais folgen, werden die echten (!) legendären Raubkatzen auf die Katastrophe in Coronia City aufmerksam... Spätestens hier wird dann auch klar, dass Kodais besondere Bälle nicht wirklich Pokémon enthielten, sondern Illusionen erzeugten. Wie man etwas später erfährt, sind die drei Raubkatzen schon immer die Hüter der Stadt gewesen.
Als Ash, Rocko und Lucia von Officer Rocky am Rand der abgeriegelten Altstadt erfahren, dass Zoroark die Stadt mit Hilfe der legendären Raubkatzen verwüstet, sind diese entsetzt. Wie es der Zufall so will, werden sie kurz darauf vom Journalisten Karl angesprochen, der Zorua erkennen kann. Er bietet unseren Freunden seine Hilfe dabei an Zorua und Zoroark zu vereinen. Nebenbei hat Karl schon lange das Gefühl gehabt, dass Kodai etwas zu verbergen hat. Er konnte nur nicht herausfinden was es ist. Deshalb kennt Karl auch einen alten Verbindungsweg in die Altstadt, der nicht gesperrt wurde. Unterhalb einer Mühle geht es so kurz darauf in einen dunklen Tunnel, der von Karls Bronzel mit Blitz erleuchtet wird.
Während alle den Tunnel passieren, erzählt Karl von seinen bisherigen Nachforschungen in Sachen Ken Kodai. So hatte Kodai immer schon ein sehr gutes Gefühl für die Zukunft, als wüßte er, was passieren würde. Dies brachte ihm viel Macht und Geld ein, so dass er inzwischen fast die gesamte Medienwelt kontrollieren kann. Dabei soll er auch sehr skrupellos seinen Willen durchsetzen. Dass Karl mit seiner Vermutung Recht hat, sieht man in einer Szene, in der Kodai eine neue Zukunftsvision hat. In dieser Vision erscheinen auch Ash und die anderen, was Kodai zu denken gibt. Allerdings kennt er nun auch die Gesichter dejenigen, die seine Pläne durchkreuzen könnten.
In der Altstadt von Coronia City ist inzwischen niemand mehr, wie ein Gehilfe von Kodai ihm meldet. Kodai selbst will nun persönlich in die Altstadt kommen und befiehlt auch das Einfangen von Zoroark, da es nicht mehr benötigt wird. Gesagt, getan – Zoroark ist mit Hilfe einer Zorua-Illusion schnell gefangen und Kodai macht sich mit seinen Pokémon Shuppet sowie Traunmagil auf den Weg zur Stadt. Seine Gehilfin Roswitha bleibt im Flugzeug zurück, freut sich aber riesig, als Kodai weg ist, da sie nun ihrerseits ihre "echte" Arbeit machen kann.
Unsere Freunde sind nun auch in der Altstadt angekommen und erfahren von Karl von dem Ereignis vor 20 Jahren. Anders als jetzt, wo hier alles blüht und die Natur mit der Stadt in perfekter Harmonie zu leben scheint, war vor 20 Jahren etwas schlimmes passiert. Damals waren alle Pflanzen kaputtgegangen und niemand wußte warum. Letztlich schafften es Menschen und Pokémon gemeinsam aber wieder Coronia City erblühen zu lassen. Da Zorua gerade jetzt die Fährte von Zoroark aufgenommen hat, bricht die Erklärung hier ab und alle verfolgen die "heiße" Spur. Dabei entdecken sie auch, dass Kodais Videos in den Nachrichten gefälscht wurden. Denn in der Altstadt wurde nichts zerstört. Karl schlussfolgert hieraus auch direkt, dass Zoroark sich in die legendären Raubkatzen verwandelt hat und diese gar nicht in der Stadt waren!
Kodai sucht unterdessen in der Stadt nach seinen Zeitwellen, die ihm einen Blick in die Zukunft ermöglichen. In einer Rückblende ist zu sehen, dass diese zuletzt schwächer und seltener wurden. Kodai will seine Fähigkeit, in die Zukunft sehen zu können, an einer Zeitwelle erfrischen. Seine letzte Vision zeigte ihm Celebi, wie es neben einer der Basketbolz-Countdownuhren aus einer Zeitwelle erschien. Mit Hilfe von Shuppets Gesichte klappert er nun alle Countdownuhren der Stadt ab, um diese Stelle zu finden. 20 Stück hat er noch vor sich, als er Ash auf seinem Radar sieht. Er kennt Ash aus seiner letzten Vision und beauftragt seinen Helfer Goone sich um dieses Problem zu kümmern.
Zorua verfolgt nach wie vor die Fährte von Zoroark und kommt dabei an einem der vielen Bildschirme in der Stadt vorbei. Da hier immer noch die Lügen von Kodai gezeigt werden, wird Zorua wütend und zerstört einen der Bildschirme, woraufhin die anderen Pokémon in der Nähe Angst bekommen. Das Magnayen und Tangoloss von Thekla greifen Zorua sogar an und können es mit Schlafpuder von Tangoloss überwältigen. Als wenige Augenblicke später Karl mit unseren Freunden sowie Thekla und Joe erscheinen, gibt es eine Art familiäres Wiedersehen, denn Joe ist der Opa von Karl!
Gemeinsam kehrt man zum Haus von Thekla und Joe zurück, wo erneut die Zwischenfälle von vor 20 Jahren erwähnt werden. Die beiden blieben wegen dem erneuten Erscheinen von Celebi in der Stadt und haben sie nicht verlassen. Joe hatte ohnehin nicht daran geglaubt, dass die Hüter der Stadt hier Unheil anrichten würden. In diesem Moment wacht Zorua aus dem Schlaf auf und flitzt davon um weiter nach Zoroark zu suchen. Da es durch ein enges Gitter schlüpf, können nur Plinfa und Pikachu die Verfolgung aufnehmen.
Weit kommt Zorua aber nicht, da sich ihm schnell viele wilde Pokémon in den Weg stellen, die in Zorua einen Bösewicht wie das vermeindliche böse Zoroark sehen. Auch Pikachus und Plinfas Überredungskünste helfen hier nicht und es droht zu einem Kampf zu kommen. Im letzten Moment erscheint jedoch Celebi und lässt umherum alles erblühen, woraufhin alle Pokémon anfangen die leckeren Beeren gemeinsam zu essen und ihren Zorn vergessen. Celebi schließt sich sogar Zorua, Plinfa und Pikachu an und führt alle zu einem großen Baum. Von dort aus ruft Zorua nach Zoroark, doch da Zoroark immer noch in einem sehr stabilen Käfig gefangen ist, gibt es kein Entkommen. Das macht Zorua unendlich traurig, doch Celebi gelingt es Zorua dennoch aufzuheitern.
Ash, Lucia, Rocko und Karl hatten die Pokémon übrigens fast eingeholt, als sie von Kodai in genau so einem Käfig wie Zoroark gefangen wurden. Dabei treffen sie erstmals auf Kodai, der ihnen offen zugibt, dass er in die Zukunft sehen kann und jede Gefahr skrupellos beseitigt. Der Käfig mit unseren Freunden wird daraufhin von Goone zum Flugzeug zurückgebracht.
An Bord des Flugzeugs sieht man nun Roswitha in den Dateien von Kodai "herumschnüffeln". Mit Leichtigkeit errät sie selbst das geheime Passwort von Kodai, welches "Vision" lautet. Die geschützten Dateien handeln alle über alte Bücher und Prophezeihungen. Als Goone mit dem zweiten Käfig (in dem unsere Freunde sind) eintrifft, bemerkt Roswitha diesen und wundert sich über dessen Inhalt. Als sie zum Käfig geht, gibt sie sich ebenfalls als Journalistin erkennen, was Karl offenbar auch wußte. Da ihre Untersuchungen in Sachen Kodai ohnehin abgeschlossen sind, befreit sie Ash und die anderen und flüchtet gemeinsam aus dem Flugzeug. Unterwegs klärt Roswitha alle anderen auch über die Zeitwellen auf und dass Kodai diese vor 20 Jahren bereits einmal nutzen konnte um für eine lange Zeit in die Zukunft schauen zu können. Dabei sind die seltenen und flüchtigen Zeitwellen eigentlich eine Energieansammlung und dienen dazu, dass Celebi durch die Zeit reisen kann. Kodai konnte vor 20 Jahren Celebi mit Hilfe seines Traunfugil daran hinderte in eine Zeitwelle zurückzukehren und mit einem Gerät die Zeitwelle auf sich übertragen. Dies war der Auslöser für das Verdorren aller Pflanzen in der gesamten Stadt und der Beginn der Zukunftsvisionen von Kodai.
Kodai hat inzwischen alle Countdownuhren der Stadt abgesucht und die Zeitwelle nicht gefunden. In einer neuen Vision sieht er aber nun, dass Celebi selbst wohl die letzte Zeitwelle ist. So macht sich Kodai mit seinen Pokémon zum gleichen Ort wie damals auf. Beim großen alten Baum angekommen, trifft er direkt auf Zorua und Celebi, die sich hier mit Pikachu und Plinfa zurückgezogen hatten. Mit Shuppets Psychokinese versucht sich Kodai das Celebi zu schnappen, doch Pikachu kann dies mit einem Donnerblitz unterbinden. Als Kodai nun drei Ninjask auf Pikachu und Plinfa hetzt, müssen sich diese jedoch zurückziehen. Zorua ist entschlossen seinen Freund Celebi zu beschützen und täuscht eine mächtige Illusion eines Tangoloss vor. Durch den Illusionsblocker von Kodai kann er diese jedoch überwinden und mit Shuppets Spukball Zorua ausschalten.
Daraufhin überschlagen sich die Ereignisse. Zoroark hat vermutlich unterbewusst bemerkt, dass Zorua bewusstlos ist und kann den Käfig nun in einem Anfann des Zorns aufbrechen. Zeitgleich treffen die echten drei legendären Raubkatzen Suicune, Entei und Raikou in der Stadt ein. Dort fallen sie direkt über Zoroark her, den sie für einen Bösewicht halten. Damit kann Zoroark selbst nicht zu Zorua gelangen, sondern muss sich erst dem Raubkatzen-Trio stellen.
Pikachu und Plinfa schaffen es zeitweise Kodai von Celebi fernzuhalten und auch Zorua kann sich zu einer Rettungsaktion aufraffen. Letztlich erscheinen aber auch Ash, Lucia, Rocko, Karl und Roswitha am Schauplatz. Gemeinsam mit den wilden Pokémon der Stadt können sie Zorua und Celebi in Sicherheit bringen und flüchten. Für Kodai kommt dies allerdings nicht ganz überraschend, da er dies in seiner Vision vorausgesehen hatte.
In der Werkstatt von Karls Großvaters Joe verarztet Rocko das verletzte Celebi. Dabei kommt auch das Thema Zeitwelle und die Countdownuhren auf. Joe hat diese zufälligerweise alle erbaut und merkt bei Roswithas Liste sofort, dass eine Uhr nicht aufgeführt ist. Im Stadion selbst ist nämlich noch eine Countdownuhr. Dort muss Celebis Zeitwelle sein. Celebi würde sich sicher schneller heilen können, wenn es die Zeitwelle anzapfen könnte. Was unsere Freunde leider nicht wissen... Kodai hat alle von einen kleinen Flugapparat verfolgen lassen, so dass er nun auch weiß, wo die Zeitwelle ist. Erst also Kodai losfährt und den Flugapparat zurückruft, bemerkt Pikachu ihn und kann ihn neutralisieren. Es beginnt ein Wettrennen darum, wer die Zeitwelle als erstes erreicht. Dabei hat Karl einen besonders raffinierten Plan, den Kodai nicht vorhersehen konnte.
In der Altstadt entdecken unsere Freunde Zoroark im Kampf gegen die drei legendären Raubkatzen. Gerade als Zoroark diese in einer Illusion gefangen hat, mischen sich alle ein um das Missverständnis aufzuklären. Mit Roswithas Illusionsblocker und Hilfe der wilden Stadt-Pokémon können sowohl Zoroark als auch Entei, Suicune und Raikou zur Vernunft gebracht werden.
Vor dem Stadion entdecken unsere Freunde dann den Jeep, mit dem Kodai und Goone angerauscht kommen. Damit Ash mehr Zeit gewinnt, stellen sich Lucia (mit Mamutel und Plinfa) und Rocko (mit Glibunkel und Mogelbaum) den Schurken in den Weg. Allerdings lässt sich Kodai nicht so leicht austricksen und schickt Goone zu Lucia und Rocko, während er selbst Richtung Stadion fährt.
Leider kommt nun genau jetzt Kodai mit Traunmagil und hindert Ash durch eine Psychokiniese am Weitergehen. Auch das nun eintreffende Zoroark kann nichts machen, da Kodai nach dem Celebi-Trick von Zorua dieses als Geisel bei sich hat. So kann Kodai bei der Zeitwelle sein Gerät aktivieren (dabei lässt er Zorua fallen) und die Energie aufsaugen. Coronia City verdüstert sich und während Kodai triumphierend seinen Erfolg genießt, gehen um ihn herum alle Pflanzen ein. Ist dies das Ende? Nein. Denn das alles war eine mächtige Illusion von Zoroark. Da Zorua zufällig Kodais Illusionsblocker zerbissen hatte, fiel Kodai auf die Illusionen, wie jeder normale Mensch, herein. Die Zeitwelle ist nach wie vor da und Karl sowie Roswitha haben alles aufgenommen, was Kodai sagte. Auch Zorua und Zoroark sind nur fast wiedervereint. Da Kodai ihnen ihr Glück aber nicht gönnt, lässt er Traunmagil einen Spukball abfeuern, der Zorua treffen soll. Zoroark opfert sich aber mit letzter Kraft und wirft sich vor Zorua um danach zu Boden zu gehen.
Kodai will Zoroark mit seinem Handgerät nun für seine Illusion vorhin bestrafen, doch Zoroark gelingt es sich zu wehren. Als nun auch Rocko und Lucia eintreffen, können sie die Pokémon von Kodai ausschalten und Ash aus der Psychokinese befreien. Kodai ist nun sichtlich verwirrt und will einen letzten Versuch starten um die Zeitwellen zu erhalten. Die legendären Raubkatzen Suicune, Entei und Raikou hindern ihn jedoch daran.
Nachdem nun alles gut ist, bricht Zoroark erschöpft zusammen. Zorua setzt seine Kräfte ein, damit Zoroark noch einmal die gemeinsame schöne Heimat sehen kann, während Ash Celebi zur Zeitwelle bringt, wo es sich erholen kann. Und siehe da – nur wenige Augenblicke später kommt Celebi wieder aus der Zeitwelle und heilt Zoroark von seinen schweren Verletzungen. Damit sind Zorua und Zoroark endlich wieder vereint. Kodai wird bereits von Officer Rocky erwartet, nachdem Roswitha und Karl das vorhin aufgenommene Video auf allen Monitoren der Stadt abspielen ließen und Kodai darin als Übeltäter entlarven, der vor 20 Jahren für eine Katastrophe sorgte.
Zum Schluß bleibt dann nur noch ein Abschied. Celebi setzt seine Zeitreisen fort. Roswitha, Karl, Zorua und Zoroark machen sich mit einer Fähre auf den Weg in die Einall-Region. Ash, Lucia und Rocko setzen hingegen ihr Abenteuer in Sinnoh fort. Aber wer weiß, ob sich alle nicht irgendwann, irgendwo wiedertreffen werden? Im Abspann (mit einem in Deutsch gesungenen Lied) sieht man noch einige Szenen der Basketbolz-Weltmeisterschaft sowie alle Arenaleiter und Top4 sowie Hauptcharaktere der Sinnoh-Region.