Pokémon entwickeln
Wie auch in den Vorgängerspielen ist das Entwickeln ein fester Bestandteil von „Pokémon Super Mystery Dungeon“. Durch eine Entwicklung steigen die Statuswerte, neue Attacken und Fähigkeiten können erlernt werden und natürlich ändert sich das Aussehen des Entwickelten drastisch. Dieser Vorgang ist unwiderruflich. Ihr solltet euch also gut überlegen, ob eine Entwicklung durchgeführt werden soll. Solange der Spielstand aber nicht gespeichert wird, können die ästhetischen Folgen und die gewonnenen kämpferischen Fähigkeiten natürlich nach Lust und Laune gefahrlos getestet werden.
Während sich Pokémon, die nicht über die Connexussphäre mit den Protagonisten verbunden sind, durch das Kämpfen und Besiegen herumirrender Forscher in Dungeons weiterentwickeln können, bleibt den Protagonisten und den rekrutierten Mitstreitern diese Möglichkeit verwehrt. Stattdessen muss ein ganz besonderer Ort aufgesucht werden, der erst nach Abschluss der Hauptgeschichte zugänglich ist. Dieser Ort heißt „Baum des Lebens“ und kann über 
Lapras erreicht werden („Eine entlegene Ecke der Welt bereisen“ -> „Mysteriöses Meer“ -> „Baum des Lebens“). Hier können sämtliche Teammitglieder, die über die Connexussphäre verbunden sind, entwickelt werden. „Verbunden“ heißt, dass man sie auch tatsächlich auf eine Erkundung mitnehmen kann. Weiterhin zu beachten ist, dass die beiden Protagonisten eine vorläufige Ausnahme bilden, denn erst nach dem Abschluss des Epilogs können diese eine Entwicklung vollziehen.
Nach einem kurzen Dialog mit 
Xerneas besteht ab diesem Zeitpunkt die Möglichkeit, sämtliche verbundene Pokémon weiterzuentwickeln. Es entstehen dabei keine Kosten, auch wird auf die typischen Entwicklungsgegenstände - wie beispielsweise ein 
Feuerstein - verzichtet. Der Level des Auserwählten stellt die einzige Rahmenbedingung dar, welche sich nach den aktuellen Generationen richten und über unseren Pokédex in Erfahrung gebracht werden kann. Bei Pokémon, die verschiedene Entwicklungsmöglichkeiten besitzen - wie beispielsweise 
Evoli oder 
Duflor - könnt ihr durch einfaches Auswählen die gewünschte Entwicklung ausgewählen.
Beachtet außerdem, dass es eine ganze Reihe von Pokémon gibt, die, obwohl sie mit den Protagonisten verbunden sind und den erforderlichen Level erreicht haben, trotzdem nie eine Entwicklung vollziehen werden. Dabei handelt es sich hauptsächlich um die festen Bewohner aller Städte zusammen, also alle Pokémon, die immer in den Siedlungen anzutreffen sind, sowie natürlich alle Weggefährten, die einen mehr oder weniger handlungsträchtigen Teil der Hauptgeschichte spielen - zum Beispiel die Kinder von Ruhenau und 
Ampharos’ Forscherteam. Nachfolgend findet ihr eine Auflistung dieser Pokémon.
