Zeitreisen
Relativ früh im Spiel wird der Spieler erstmalig auf ein Celebi treffen. Dieses ermöglicht das Reisen durch die Zeit im Single- als auch im Multiplayer-Modus für bis zu vier Personen. Das Meistern dieser zusätzlichen Abenteuer kann neue Gebiete freischalten und neue Pokémon bringen. Es bleibt dem Spieler überlassen ob er diese Missionen alleine oder mit Freunden per WiFi angehen möchte. Nach aktuellem Wissensstand sind alle Missionen auch alleine schaffbar (hinsichtlich des Fangens von Pokémon bekommt derjenige Spieler das Pokémon, der den entscheidenden letzten Kreis gezeichnet hat).
Bei Zeitreisen kann das Partner-Pokémon (Ukulelen-Pichu) nicht mitreisen. Statt dessen hat man die Möglichkeit sich für die Vergangenheit andere Partner zu fangen und diese über die Missionen hinweg auch zu trainieren. So erhält man bei seinen Abenteuern „Ranger-Punkte“, mit denen der Partner seinen Unterstützungslevel, die Heilrate sowie die Stärke steigern kann (bis zu einem Maximum von Level 5). Bei Zukunftsreisen können diese neuen Partner mit Hilfe der Pokémon-Symbole gerufen werden.
Die Zeitreise-Missionen sind in der gesamten Welt verteilt und meistens gibt es mehrere Missionen an jedem Ort, die eine Art Ministory bilden. Schafft man die letzte Mission dieser Serie, öffnet sich in der normalen Zeit ein neuer Pfad, den man bestreiten kann um weitere Inhalte zu erspielen. Zu viel Zeit darf man sich hier allerdings nicht lassen, da es bei allen Zeitreisen stets ein Zeitlimit (meistens rund sechs Minuten) gibt. Die ersten Missionen erfolgen im „Waldtempel“ und dann im „Feuertempel“.